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Observatoire des Sciences de l'Univers UPMC-INSU

PLATEFORME DE GEO-MICROBIOLOGIE EXPERIMENTALE (GEMME)

Objectifs scientifiques de la plateforme

La plateforme de géo-microbiologie expérimentale est unique en Sciences de l’Univers au plan national; elle permet une étude interdisciplinaire des microorganismes impliqués dans les biominéralisations et les processus géochimiques (précipitation de carbonates, réactions redox du Fe, S,  N). La plateforme regroupe les appareils nécessaires pour cultiver et étudier des microorganismes aérobies et anaérobies depuis la préparation de milieux stériles, jusqu’à l’incubation des cultures, leur manipulation et leur observation, en passant par le stockage de souches  et la possibilité d’effectuer des analyses de biologie moléculaire permettant de mieux comprendre les processus d’intérêt géologique étudiés.

Responsables : K. BENZERARA & G. ONA-NGUEMA

karim.benzerara @ upmc.fr  Georges.Ona-nguema @ impmc.jussieu.fr

Modalités d'analyse

On part du constat qu’un microorganisme est responsable d’un processus de formation ou de dégradation d’un minéral, d’une roche ou de molécules organiques particulières dans un échantillon. Soit le microorganisme est présent en mélange avec de nombreux autres dans un échantillon naturel, soit il est déjà répertorié dans des collections de souche. Dans le premier cas, il faut l’isoler ou l’enrichir selon des protocoles adaptés au milieu et à l’objectif géologique donné. Ceci implique un investissement en temps important. Ensuite et dans les deux cas énoncés, il faut cultiver et conserver la souche sur le long terme, tester les conditions optimales de croissance et analyser la croissance de la bactérie en culture. Ceci vient en amont des mesures spécifiques à faire pour comprendre le rôle du microorganisme dans le processus d’intérêt (par exemple en microscopie électronique, spectrométrie de masse etc…).

Instruments concernés

Eau MilliQ, autoclaves, rampe anaérobie, hotte à flux laminaire.

Boites-à-gants, centrifugeuses, microscope optique à épifluorescence, ultramicrotome.

Congélateurs à -80°C

Appareil à PCR, électrophorèse,  DGGE…

Historique de la plateforme et perspective d’évolution

Depuis 2006, cette plateforme a fonctionné en interne à l’IMPMC et s’est développée avec l’objectif d’adapter les protocoles existants aux spécificités propres des objets des sciences de la Terre et de l’environnement. Il reste de nombreux développements à faire mais un certain nombre de protocoles sont désormais mûrs pour être appliqués de manière plus « routinière » à des problèmes des sciences de la Terre. L’équipement a été assuré par divers financements, incluant crédits récurrents de l’UMR ou crédits de différents projets et s’est appuyé sur le développement d’expériences de biochimie mises en place par ailleurs par des biologistes à l’IMPMC. Le fonctionnement, notamment le maintien des souches et le développement des protocoles a été assuré par des non-permanents (étudiants en thèse et postdoc). Ceci pose un problème sur la conservation et le développement du savoir-faire sur la plateforme et la continuité dans les projets à plus long-terme. Dans le cadre envisagé d’une multiplication des cultures, ce mode de fonctionnement est inenvisageable et la plateforme nécessitera une personne qui pourra assurer le maintien et le développement des nouvelles cultures générées par une telle plateforme.

Organisation

- Une charte des utilisateurs a été rédigée.

- La mise en place d’une facturation interne prenant en charge le coût des consommables est envisagée

- Le matériel nécessaire pour la culture est maintenu en état de fonctionnement par une technicienne de l’IMPMC (C. Férard).

Projets scientifiques en cours

« Calcification intracellulaire chez les cyanobactéries » ; « Transferts métalliques dans les mangroves et sédiments de rivières» ; « Biodégradation du carbone organique géologique » ; « biominéralisation de magnétites : implications paléomagnétiques et recherches de traces de vie » ; « Bioremédiation des pollutions azotées,  métalliques ou polluants organiques» ; « Bioaltération des minéraux des sols ».

Equipes concernées

Sisyphe (contact : A. Laverman) ; Géologie ENS (contact : P. Barré) ; ISTEP (contact : L. Segalen) ; BOREA -MNHN (contact : S. Dufour) ; LMCM –MNHN (contact : S. Bernard).

 

Localisation :

 T22-23 et T23-24 (5e étage)

Plus d'informations sur le site de l'IMPMC

 

Laurence Eymard - 27/07/15

Traductions :

    A voir

    Contact

    Directrice :

    Laurence Eymard

    tel : +33 1 44 27 70 73

     

    Assistante :

    Françoise Larincq

    tel : +33 1 44 27 52 05

     

    UPMC

    4, place Jussieu

    75252 Paris cedex 05

    Tour 46 - couloir 4600

    4e étage

    BC 112

     

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